由於遺址受「文化資產保存法」明文保護，因此任何破壞遺址的行為均屬違法，其行為人為公共罪人，任何人均得檢舉。「文化資產保存法」第二十八條規定：古蹟由所在地地方政府管理維護之。因此發現遺址或發現遺址遭受破壞，可向當地警察機關派出所檢舉，或向縣市政府民政局禮俗課科報告，亦可通知相關學術機構，如中央研究院歷史語言研究所考古組（TEL:02-7829555）、國立台灣大學人類學系（TEL:02-3630231轉2299）、國立台灣史前文化博物館籌備處（TEL:089-324903）。
在東海岸地區還可通知交通觀光局東海岸風景特定區管理處TEL:089-281237 281620